E.U.聯(lián)盟和布里塔利亞帝國曠日持久的戰(zhàn)爭在皇歷2010年發(fā)生轉(zhuǎn)機，帝國派出壓倒性的兵力突襲遠(yuǎn)東日。在很短的時間內(nèi)，日本這個國家不復(fù)存在，從此作為“11區(qū)”寫入歷史。舊日本人民流往世界各地，飽受歧視，心中滿是憤懣和不甘。2017年，E.U.聯(lián)軍132部隊向圣彼得堡挺進，但遭到帝國軍隊的圍困，面臨全軍覆沒的危險。聯(lián)軍少校蕾拉·瑪露卡爾（坂本真綾 配音）將舊日本青年組成非正規(guī)軍W Zero部隊，并提出以這支部隊營救132部隊的建議。但是在最為兇險的前線，他們不過肩負(fù)著犧牲自己來營救友軍的悲哀命運。慘烈的對決過后，W Zero部隊的中尉日向瑛斗（入野自由 配音）成功完成任務(wù)。
　　而戰(zhàn)爭還遠(yuǎn)遠(yuǎn)未曾結(jié)束，新的陰謀與危機浮出水面……